Phân tích họ gene knox ở cây dứa (Ananas Comosus L.) Bằng phương pháp in silico

##plugins.themes.academic_pro.article.main##

Author

  • TS. Cao Phi Bằng*

Từ khóa:

biểu hiện gene
cây dứa (Ananas comosus L.)
cây phả hệ
KNOX
in silico

Tóm tắt

Nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu in silico, chúng tôi đã xác định và phân tích 10 gene KNOX ở trong hệ gene của cây dứa (Ananas comosus L.). Căn cứ vào kết quả phân tích cấu trúc và cây phả hệ, các gene KNOX của cây dứa được phân chia thành hai phân nhóm là phân nhóm I (năm gene) và phân nhóm II (năm gene). Các gene KNOX của cây dứa có mức độ bảo tồn cao về cấu trúc exon/intron. Các KNOX của cây dứa đều có đủ bốn trình tự bảo thủ đặc trưng. Phân tích Gene Ontology cho thấy cả 10 gene KNOX của cây dứa đều có vai trò điều hòa sinh học. Phân tích dữ liệu RNA-seq cho thấy cả 10 gene KNOX của cây dứa đều biểu hiện ở tất cả các mô nghiên cứu. Trong đó, nhiều gene (6/10 gene) biểu hiện yếu nhất ở hoa khi so với các mô khác. Đặc biệt, hầu hết các gene biểu hiện mạnh trong quả ở các thời kì phát triển khác nhau

Tài liệu tham khảo

    [1] Cao Phi Bằng, “Phân tích in silico họ gen KNOX ở cây đậu cove (Phaseolus vulgaris L.)”, Chuyên san CNSH, Tạp chí Di truyền và ứng dụng, Số 10, 2015, trang 4-11.
    [2] Cao Phi Bằng, Dunand C., “Xác định và phân tích in silico họ gen KNOX ở cây quýt đường (Citrus clementina)”, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 12(1), 2014, trang 113-123.
    [3] Finn R. D., Bateman A., Clements J., Coggill P., Eberhardt R. Y., Eddy S. R., Heger A., Hetherington K., Holm L., Mistry J., Sonnhammer E. L., Tate J., & Punta M., “Pfam: The Protein Families Database”, Nucleic Acids Res, 42(Database issue), 2014, D222-230. doi:10.1093/nar/gkt1223.
    [4] Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Wilkins M. R., Appel R. D., & Bairoch A., Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server, The Proteomics Protocols Handbook, Springer, 2005, pp. 571-607.
    [5] Hake S., Smith H. M., Holtan H., Magnani E., Mele G., & Ramirez J., “The Role of Knox Genes in Plant Development”, Annu Rev Cell Dev Biol, 20, 2004, pp. 125-151.
    [6] Hay A., & Tsiantis M., “KNOX Genes: Versatile Regulators of Plant Development and Diversity”, Development, 137(19), 2010, pp. 3153-3165.
    [7] Katoh K., & Standley D. M., “MAFFT Multiple Sequence Alignment software Version 7: Improvements in Performance and Usability”, Mol Biol Evol, 30(4), 2013, pp. 772-780.
    [8] Kumar S., Stecher G., & Tamura K., “MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets”, Mol Biol Evol, 33(7), 2016, pp. 1870-1874.
    [9] Magnani E., & Hake S., “KNOX Lost the OX: the Arabidopsis KNATM Gene Defines a Novel Class of KNOX Transcriptional Regulators Missing the Homeodomain”, Plant Cell, 20(4), 2008, pp. 875-887.
    [10] Ming R., VanBuren R., Wai C. M., Tang H., Schatz M. C., Bowers J. E., Lyons E., Wang M. L., Chen J., Biggers E., Zhang J., Huang L., Zhang L., Miao W., Zhang J., Ye Z., Miao C., Lin Z., Wang H., Zhou H., Yim W. C., Priest H. D., Zheng C., Woodhouse M., Edger P. P., Guyot R., Guo H. B., Guo H., Zheng G., Singh R., Sharma A., Min X., Zheng Y., Lee H., Gurtowski J., Sedlazeck F. J., Harkess A., McKain M. R., Liao Z., Fang J., Liu J., Zhang X., Zhang Q., Hu W., Qin Y., Wang K., Chen L. Y., Shirley N., Lin Y. R., Liu L. Y., Hernandez A. G., Wright C. L., Bulone V., Tuskan G. A., Heath K., Zee F., Moore P. H., Sunkar R., Leebens-Mack J. H., Mockler T., Bennetzen J. L., Freeling M., Sankoff D., Paterson A. H., Zhu X., Yang X., Smith J. A., Cushman J. C., Paull R. E., & Yu Q., “The Pineapple Genome and The Evolution of CAM Photosynthesis”, Nature Genetics, 47, 2015, pp. 1435-1442.
    [11] Ming R., Wai C. M., & Guyot R., “Pineapple Genome: A Reference for Monocots and CAM Photosynthesis”, Trends Genet, 32(11), 2016, pp. 690-696.
    [12] Mukherjee K., Brocchieri L., & Burglin T. R., “A Comprehensive Classification and Evolutionary Analysis of Plant Homeobox Genes”, Mol Biol Evol, 26(12), 2009, pp. 2775-2794.
    [13] Tian T., Liu Y., Yan H., You Q., Yi X., Du Z., Xu W., & Su Z., “agriGO v2.0: a GO Analysis Toolkit for The Agricultural Community, 2017 Update”, Nucleic Acids Res, 45(W1), 2017, pp. W122-W129.
    [14] Vollbrecht E., Veit B., Sinha N., & Hake S., “The Developmental Gene Knotted-1 is A Member of A Maize Homeobox Gene Family”, Nature, 350(6315), 1991, pp. 241-243.
    [15] Xiong H., Shi A., Wu D., Weng Y., Qin J., Shu X., & Zhou W., “Genome-Wide Identification, Classification and Evolutionary Expansion of KNOX Gene Family in Rice (Oryza sativa) and Populus (Populustrichocarpa)”, Am J Plant Sci, 9(06), 2018, pp. 1071-1092.
Xem thêm

##plugins.themes.academic_pro.article.sidebar##

Đã Xuất bản

Sep 30, 2018
Download
PDF
Cách trích dẫn
TS. Cao Phi Bằng*. “Phân tích họ Gene Knox ở cây dứa (Ananas Comosus L.) Bằng phương pháp in Silico”. Tạp Chí Khoa học Và Công nghệ - Đại học Đà Nẵng, vol 9, số p.h 130, Tháng Chín 2018, tr 67-70, https://jst-ud.vn/jst-ud/article/view/1068.

##plugins.themes.academic_pro.article.details##