Cải tiến phương pháp đa hình chiều dài cắt giới hạn đích (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism - t-RFLP) và giải mã trình tự gene rrna 16s sử dụng phân lập các chủng vi khuẩn trên lớp nhày vảy cá

##plugins.themes.academic_pro.article.main##

Author

  • Nguyễn Thành Luân;Phạm Văn Lộc; Katarina Mikac

Từ khóa:

Vibrio sp
t-RFLP
PCR
rRNA 16S
lớp nhày vảy cá
kỹ thuật đa hình
giải mã trình tự DNA

Tóm tắt

Việc đánh bắt cá bất hợp pháp gia tăng nhanh chóng từ các hoạt động đánh bắt không được kiểm soát gây ra mối lo ngại về sự tồn tại các loài cá. Nghiên cứu này hướng đến việc phân lập và định danh các chủng vi khuẩn tương tác với lớp nhày vảy cá và xác định các sự khác biệt của các tiểu phần trong cấu trúc quần thể vi khuẩn tồn tại ở các khu vực khảo sát. Nghiên cứu khuếch đại và tối ưu hóa PCR, biểu hiện kỹ thuật t-RFLP được thực hiện. Cây phát sinh loài nhằm phân tích các mối quan hệ của 19 loài phân lập được với các cơ sở dữ liệu gen được xây dựng. Qua phân tích trình tự, các kết quả cho thấy sự nổi trội của loài Vibrio sp. trong quần thể vi khuẩn trên 4 khu vực khảo sát quanh vùng Illawarra, Úc. Việc sử dụng t-RFLP và RFLP dựa trên PCR được đề xuất cũng như xây dựng các các đoạn mồi nhanh, an toàn, tiết kiệm và đặc hiệu hơn cho việc phát hiện và bảo vệ các loài thủy hải sản sau này

Tài liệu tham khảo

    [1] Clements, K. D., Pasch, I. B. Y., Moran, D. & Turner, S. J. (2007). Clostridia dominate 16S rRNA gene libraries prepared from the hindgut of temperate marine herbivorous fishes. Mar Biol 150: 1431-1440.
    [2] Dunbar, J., Ticknor, L. O. and Kuske, C. R. (2000). Assessment of Microbial Diversity in Four Southwestern United States Soils by 16S rRNA Gene Terminal Restriction Fragment Analysis. Applied and environmental Microbiology 66(7): 2943-2950.
    [3] Ogden, R. (2008). Fisheries forensics: the use of DNA tools for improving compliance, traceability and enforcement in the fishing industry. Fish and Fisheries 9(4): 462-472.
    [4] Ogden, R. O. B. (2011). Unlocking the potential of genomic technologies for wildlife forensics. Molecular Ecology Resources 11: 109-116.
    [5] Quigley, J. T. & Harper, D. J. (2008). Compliance with Canada’s Fisheries Act: A Field Audit of Habitat Compensation Projects. Environmental Management 37(3): 336-350.
    [6] Smith, C. J., Danilowicz, B. S. and Meijer, W. G. (2007). Characterization of the bacteria community associated with the surface and mucus layer of whiting (Merlangius merlangus). FEMS Microbiol Ecol 62: 90-97.
    [7] Smith, C. J., Danilowicz, B. S. and Meijer, W. G. (2009). Bacteria associated with the mucus layer of Merlangius merlangus (whiting) as biological tags to determine harvest location. Can. J. Fish. Aquat. Sci 66: 713-716.
    [8] Smith, C. J., Danilowicz, B. S., và cộng sự (2005). T-Align, a web-based tool for comparison of multiple terminal restriction fragment length polymorphism profiles. FEMS Microbiology Ecology 54: 375-380.
    [9] Székely, A. J., Sipos, R., Berta, B. và cộng sự (2009). DGGE and T-RFLP Analysis of Bacterial Succession during Mushroom Compost Production and Sequence-aided T-RFLP Profile of Mature Compost. Microb Ecol 57: 522-533.
    [10] Teletchea, F. (2009). Molecular identification methods of fish species: reassessment and possible applications. Reviews in Fish Biology and Fisheries 19(3): 265-293.
    [11] Torras, X., Cardona, L. & Gisbert, E. (2000). Cascading effects of the flathead grey mullet Mugil cephalus in freshwater eutrophic microcosmos. Hydrobiogia 429: 49-57.
    [12] Waldman, J. R., Doukakis, P. và cộng sự. (2008). Molecular analysis as a conservation tool for monitoring the trade of North American sturgeons and paddlefish. Journal of Applied Ichthyology 24: 20-28.
    [13] Withler, R., Candy, J. và cộng sự. (2004). Forensic DNA Analysis of Pacific Salmonid Samples for Species and Stock Identification. Environmental Biology of Fishes 69(1): 275-285.
Xem thêm

##plugins.themes.academic_pro.article.sidebar##

Đã Xuất bản

Jul 31, 2014
Download
PDF
Cách trích dẫn
Nguyen Thanh Luan;Pham Van Loc; Katarina Mikac. “Cải tiến phương pháp đa hình chiều dài cắt giới hạn đích (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism - T-RFLP) Và giải Mã trình tự Gene Rrna 16s sử dụng phân lập các chủng Vi khuẩn Trên lớp nhày vảy Cá”. Tạp Chí Khoa học Và Công nghệ - Đại học Đà Nẵng, vol 7, số p.h 80, Tháng Bảy 2014, tr 19-22, https://jst-ud.vn/jst-ud/article/view/312.

##plugins.themes.academic_pro.article.details##